睡眠時無呼吸症候群は、熟睡を妨げ、睡眠時の酸素不足を招き、無理な呼吸維持の努力はストレスとなる。これらは連鎖的に障害を起こし、多くの疾患の原因となっている。
1. 高血圧症 睡眠時無呼吸症候群の患者の50％が高血圧症。 高血圧症の患者の50％が睡眠時無呼吸症候群。 睡眠時無呼吸症候群の治療により約半数の患者が血圧正常化。 未治療の睡眠時無呼吸症候群患者は、降圧薬の効果が出にくい。
2. 狭心症、心筋梗塞 習慣性のいびきは、狭心症で2倍、心筋梗塞で５倍の発症率。 重症のいびきである睡眠時無呼吸症候群ではもっと深刻（発症確率23.3倍）。 早朝時の無呼吸は、発作の引き金となる（血圧上昇、血液凝固能の上昇）。
3. 脳卒中 いびきをかく人に脳卒中が多い。睡眠時無呼吸症候群では、10.8倍。 早朝の呼吸の乱れは循環の乱れを引き起こし、発作を誘発する。
4. 糖尿病 血糖値の高い睡眠時無呼吸症候群患者に無呼吸の治療をすると、 平均３ヶ月で半数の人が血糖正常化。 睡眠時無呼吸症候群患者は、インスリン抵抗性（インスリンが効きにくい）が高い。
5. 発育阻害（小児） 眠りが浅いと成長ホルモンの分泌が著しく悪くなる。身長、臓器の発育が悪くなる。
6. 脂肪の燃焼に悪影響 成長ホルモンは、脂肪を燃焼させる。いびきをかく人は、ダイエット効果が出にくい。
7. 逆流性食道炎 胃液が食道に逆流しやすい。原因不明。
8. いびきは炎症を悪化させるとの報告が最近出された。
9. 非アルコール性脂肪肝（脂肪の沈着と繊維化が特徴） 発生率は、肥満者で1％、睡眠時無呼吸症候群を伴うと7％。低酸素状態が原因。
10. 認識能力の低下 頻繁な低酸素状況が続くと、認識度が低下する。いびきをかく人は、ポカが多い。
11. 痴呆 アルツハイマー性も血管性も、健常人に較べ習慣的にいびきをかく(2倍)。原因不明。
12. その他 無呼吸の治療によりインポテンツの解消例、コレステロール低下例がある。原因不明。
13. 突然死 呼吸停止による直接の突然死は多くない。 しかし、いびきを伴う心臓血管系の患者では、かかない人に較べ突然死が多い。